《九陰真經online》的故事背景取明朝初年,中原政權穩定,這個時期的江湖,不再僅僅是軍隊作戰的附庸,武學得到空前崇尚,各門派林立、廣召弟子,一個自由、鼎盛的江湖逐漸形成。
與江湖繁榮形成鮮明對比的是皇權的集中,帝王勢力逐漸達到頂峰,東廠、錦衣衛設立,成爲有別于舊江湖實力的新興力量。明太祖朱元璋性格多疑,登基後正兩興大獄,誅殺功臣,爲控制日益興盛的江湖勢力,暗自布下衆多錦衣衛隱入江湖,搜集天下武學編撰《武定籍》。
隨著太祖去世和朱棣奪位,《九陰真經》等武學秘籍因此流落江湖,一時間,江湖風波暗湧,各勢力紛紛覬覦無上武學,一陣新的血雨腥風無可避免。與此同時不僅是傳統武學發生了演變而爲之精進,還湧現出了以專克中原武學的西域武學,及逆修任督的燕門密宗等諸多勢力,自此絢爛多彩的明朝武林展開序幕。