《九陰真經》的故事背景取自明朝初年，這個時代是中國封建帝王勢力的頂峰，有著高度集中的皇權和東廠、錦衣衛這些介乎於朝廷和江湖的各種勢力。也是江湖武林從唐朝的雛形，到宋元的發展，至明朝形成前所未有的盛世。這個時代的中原政權穩定，使這個時期的江湖脫離了宋元時僅僅在於輔助軍隊作戰的作用，形成了以武會友，崇尚個人武學的空前大發展，是一個最自由，最鼎盛的江湖。時代起源於明朝洪武元年，明太祖朱元璋性格多疑，登基後正兩興大獄，誅殺功臣，為了鞏固帝位，消滅隨滅元而日漸強大的江湖勢力而暗自布下眾多錦衣衛隱入江湖，搜集天下武學以編撰號稱武學總綱的《武定籍》，而這一宏偉的計畫卻在中途因太祖去世和明成祖朱棣的殺侄奪位而改變，而《九陰真經》等武學秘笈因此流落江湖，從而使這個時代的各類武學融會貫通並產生了武學的大革命，與此同時不僅是傳統武學發生了演變而為之精進，還湧現出了以專克中原武學的西域武學，及逆修任督的燕門密宗等諸多勢力，自此絢爛多彩的明朝武林展開序幕。